Хваляванні ў Слуцкай гімназіі пачаліся ў 1862 і працягваліся да канца 1863 года. Падзеі таго часу знайшлі адлюстраванне ў пратаколах педагагічнага савета і ў статыстычных даных, змешчаных у гадавых справаздачах гімназіі. Так, у пратаколе ад 26 кастрычніка 1862 года адзначалася, што гімназісты дамагаліся, каб тлумачэнні ім давалі на польскай мове. Калі патрабаванне не было задаволена, яны «дазвалялі сабе непрыстойныя выхадкі».
   У пачатку 1863 года слуцкая гарадская паліцыя паведаміла дырэктару гімназіі пра чуткі, што вучні трымаюць пры сабе зброю, страляюць у цэль, па начах бадзяюцца натоўпамі па горадзе і што быццам бы яны спілавалі тэлеграфны слуп. (Гэта адзначалася ў пратаколе педсавета ад 24 студзеня 1863 года.) У пратаколе ад 1 лютага 1863 года канстатавалася, што гімназісты збіраюцца за горадам у вучня VII класа і праводзяць час у «непрыстойных забавах», а шасцікласнікі збілі свайго таварыша, які зрабіў данос, і затым дэманстратыўна падалі заявы аб звальненні іх з гімназіі. На пасяджэнні педсавета 2 сакавіка адзначалася, што на ўроках настаўніка Грантоўскага вучні чацвёртых і пятых класаў на працягу двух дзён запар «тварылі беспарадкі».
   У сувязі з хваляваннямі адміністрацыя школы і педагагічны савет зрабілі шэраг захадаў супраць гімназістаў: некалькі вучняў строга папярэдзілі, а некаторых выключылі з гімназіі. Але і ў асяроддзі выкладчыкаў не было адзінства. Многія спачувалі паўстанню. У справаздачах гімназіі адзначалася, што ў 1863 годзе быў часова арыштаваны інспектар гімназіі Герман, якога абвінавацілі ў тым, што быццам бы ён падпісаў рэвалюцыйную адозву. Выкладчык матэматыкі Міладоўскі быў арыштаваны і высланы ў Томск. Настаўніка геаграфіі Дамброўскага і штатнага ўрача гімназіі Францкевіча выслалі ў Сібір.
   На 1 студзеня 1863 года ў гімназіі з падрыхтоўчым класам налічвалася 404 вучні. На працягу года паступілі 46 чалавек, а выбылі 294, з іх толькі 13 скончылі курс навучання. На 1 студзеня 1864 г. тут засталіся ўсяго 156 вучняў, або 38 % складу папярэдняга года. 281 чалавек, або 62 % вучняў, у 1863 г. пакінулі сцены гімназіі. Выпуску ў 1864 г. зусім не было.
   У хваляваннях (а большасць гімназістаў пакінулі сцены школы з-за іх) прымалі ўдзел не толькі гімназісты-католікі. Пра гэта сведчаць афіцыйныя статыстычныя да - ныя, змешчаныя на старонцы 120 кнігі I. Глебава.

   3 табліцы вынікае, што ў ліку тых, каго выключылі, і тых, хто выбыў з гімназіі па іншых прычынах, значную колькасць (41 чалавек) складалі вучні праваслаўнага         веравызнання. Гэта лішні раз сведчыць, што паўстанню 1863 года спачувалі людзі розных веравызнанняў і што на Случчыне яно мела не чыстапольскі характар, як   сцвярджаюць тагачасныя афіцыйныя крыніцы і гісторыкі. У спісе асоб, якія знаходзіліся ў Слуцку пад следствам па справе паўстання, нямала прозвішчаў былых выхаванцаў гімназіі розных веравызнанняў.
   Да снежня 1863 года паўстанне было задушана. У гэтым жа годзе губернатар Мураўёў загадаў спыніць выкладанне польскай мовы ва ўсіх гімназіях Віленскай навучальнай акругі. Загад быў выкананы.
   Апякун Віленскай навучальнай акругі Карнілаў у маі 1864 года падаў міністэрству асветы і губернатару дакладную запіску аб поўным падпарадкаванні Слуцкай гімназіі Віленскай навучальнай акрузе. У ёй прызнаецца, што навучэнцы Слуцкай школы прымалі ўдзел у «беспарадках» 1862—1863 гадоў. Вось што пісаў Карнілаў: «Слуцкая гімназія, якая ўтрымліваецца амаль выключна на сродкі ўрада, насуперак агульнай сістэме, прынятай урадам адносна мужчынскіх навучальных устаноў Заходняга краю, не знаходзіцца ў поўнай залежнасці ад навучальнага ведамства... Віленскі рэфарматарскі сінод карыстаецца правам прызначаць інспектара і некаторых настаўнікаў і загадвае гаспадарчай часткай установы, дае напрамак гімназіі і абмяжоўвае ў гэтых адносінах дзейнасць рускага дырэктара... Тутэйшыя рэфарматары (усе яны польскага паходжання) па свайму светапогляду і па сваіх палітычных імкненнях не складаюць выключэння з мясцовага польскага грамадства... Яны прымалі такі ж удзел у «мяцяжы», як і асобы рымска-каталіцкага веравызнання. У час мінулай смуты беспарадкі адбываліся і ў Слуцкай гімназіі, і інспектар гэтай установы быў арыштаваны па палітычнай справе. Пакідаць на далейшы час Слуцкую гімназію ў руках рэфарматарскага сінода было б шкодна і для навучальна-выхаваўчай справы, і для ўрада».
   Матывіруючы неабходнасць перадачы Слуцкай гімназіі ў поўную залежнасць Віленскай навучальнай акрузе, Карнілаў адзначаў, што у Мінскай губерні асоб (абодвух полаў) рэфарматарскага веравызнання ўсяго 347 і што з 156 вучняў гімназіі да кальвінісцкага веравызнання належыць усяго 24, «тады як праваслаўных налічваецца 29, да таго ж горад Сдуцк размешчаны сярод суцэльна праваслаўнага насельніцтва і мае вялікую патрэбу на чыста рускую навучальную ўстанову з поўным камплектам рускіх выкладчыкаў». Карнілаў ставіў пытанне і аб выдзяленні дадатковых сродкаў, бо да гэтага часу бюджэт Слуцкай гімназіі часткова папаўняўся за кошт асігнаванняў сінода.
   10 лютага 1865 года Мураўёў паведаміў аб сваёй згодзе з вывадамі Карнілава і загадаў яму зараз жа цалкам падпарадкаваць Слуцкую гімназію Віленскай акрузе,   пакінуўшы ў руках рэфарматарскага сінода толькі некаторыя другарадныя клопаты.
   У першай палавіне лютага 1865 года была зроблена рэвізія гімназіі акруговым інспектарам, які 1 сакавіка 1865 г. падаў апекуну акт, дзе ставілася пытанне аб неабходнасці замяніць многіх настаўнікаў гімназіі выкладчыкамі рускага паходжання. Акт быў пададзены Мураўёву. Апошні даў распараджэнне: замяніць асобамі рускага паходжання інспектара Іжыцкага, настаўнікаў Калышу, Вагнера, Главацкага... Выкладанне закону божага рэфарматарскага веравызнання на польскай мове замянялася выкладаннем на рускай або на нямецкай мове — гледзячы на тое, як будзе зручна. Рэфарматарскай калегіі прапанавалі выдзеліць гімназіі сродкі для паляпшэння вучнёўскай бібліятэкі, каб там была дастатковая колькасць рускіх кніг. Гэта былі апошнія распараджэнні Мураўёва, бо ў канцы сакавіка 1865 г. ён паехаў у Пецярбург і падаў прашэнне аб адстаўцы. 17 красавіка 1865 года пераемнікам яго быў прызначаны фон Каўфман. Ён выказаўся за неабходнасць ліквідаваць залежнасць Слуцкай гімназіі ад рэфарматарскага сінода. Свае меркаванні Каўфман паведаміў міністру асветы.
   Зноў у справу Слуцкай гімназіі ўмяшаўся цар. Ён загадаў 8 ліпеня 1868 года пераўтварыць гімназію ў звычайную навучальную ўстанову.
Такім чынам з 1868 года Слуцкая гімназія цалкам перайшла ў разрад урадавых навучальных устаноў.
   За рэфарматарскім сінодам было пакінута толькі права ўтрымліваць з дазволу начальства выкладчыка закона божага рэфарматарскага веравызнання. У 1882 годзе былі выкуплены ў сінода частка фундаментальнай бібліятэкі і будынак школы.
   Сярод тых, хто скончыў Слуцкую гімназію ў 60-я гады, быў В. К. Цераскі (1849—1925) — выдатны спецыяліст у галіне астрафотаметрыі, прафесар, дырэктар Маскоўскай абсерваторыі (1890—1915). Ён вылічыў велічыню Сонца і вызначыў ніжэйшую мяжу яго тэмпературы. Цераскі — аўтар шэрага выдатных прац па астраноміі.